ПЦР в реальном времени, Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю., 2009

ПЦР в реальном времени, Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю., 2009.
   В книге рассмотрены различные варианты и особенности оборудования для проведения ПЦР «в реальном времени». Разобраны особенности систем флуоресцентной регистрации накопления ДНК. Рассмотрены ключевые факторы, определяющие выбор последовательности олигонуклеотидов и параметры программ амплификации. Уделено внимание подготовке проб и особенностям анализа получаемых данных. Отдельные главы посвящены применению ПЦР «в реальном времени» для решения различных задач: определения уровня представленности транскриптов, вирусной нагрузки, нуклеотидного полиморфизма, относительного содержания нуклеиновых кислот на примере ГМО.
Для сотрудников генно-инженерных и медицинских диагностических лабораторий, а также для преподавателей и студентов, специализирующихся в области молекулярной биологии.

ИЗОБРЕТЕНИЕ ПЦР.
В последние годы все больше молекулярно-биологических методов находят практическое применение в различных областях медицины, промышленности и сельского хозяйства. Один из таких методов — полимеразная цепная реакция (ПЦР), позволяющая нарабатывать в пробирке определенный участок молекулы дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) практически в неограниченных количествах.
В медицине ПЦР применяют при диагностике инфекционных и наследственных заболеваний, при диагностике рака и иммунных патологий. ПЦР используют для идентификации личности и определения биологического родства индивидов. Санитарно-эпидемиологические службы используют ПЦР для контроля за микробиологическим загрязнением окружающей среды и продуктов питания, а также для выявления генетически модифицированных источников пищи (ГМИ). В научно-исследовательских лабораториях ПЦР используют для изучения нуклеиновых кислот и проведения манипуляций с ними. Например, благодаря ПЦР стало возможным быстрое получение исследуемых участков ДНК в чистом виде и в достаточном количестве.
ОГЛАВЛЕНИЕ
Предисловие Л.А. Остермана
Предисловие Е.Д. Свердлова
Список сокращений
Перечень компаний, упомянутых в тексте
Глава 1. Что такое ПЦР
1.1. Изобретение ПЦР
1.2. Изобретение ПЦР «в реальном времени»
1.3. Отличие анализа продуктов ПЦР «по конечной точке» и «в реальном времени»
1.4. Развитие ПЦР «в реальном времени»как диагностического инструмента
Глава 2. Основы полимеразной цепной реакции
2.1. Общие сведения о ПЦР
2.2. Организация НЦР-лаборатории
2.3. Оборудование и материалы для ПЦР
2.4. Свойства олигонуклеотидов (праймеров и проб)
2.5. Влияние ионов Mg2+
2.6. Свободные дезоксирибонуклеотидтрифосфаты (dNТРs)
2.7. Влияние pH
2.8. Минеральное масло
2.9. Другие компоненты, добавление которых влияет на ПЦР
2.10. Ферменты, используемые в ПЦР
2.11. Программы амплификации
2.12. «Горячий старт» (hot start)
Глава 3. Оборудование для ПЦР «в реальном времени»
3.1. Устройство детектирующих амплификаторов
3.2. Основные функциональные узлы
3.3. Обзор характерных разновидностей приборов
3.4. Тенденции развития оборудования для ПЦР «в реальном времени»
Глава 4. Визуализация накопления ДНК при проведении ПЦР «в реальном времени»
4.1. Флуоресценция
4.2. Флуорофоры
4.3. Гасители флуоресценции
4.4. Неспецифичные системы детекции
4.5. Специфичные системы детекции
Глава 5. Дизайн праймеров и проб, программы амплификации
5.1. Параметры, влияющие на взаимодействие олигонуклеотида и ДНК
5.2. Выбор последовательности проб
5.3. Программное обеспечение для дизайна праймеров и проб
5.4. Особенности систем праймеры проба
5.5. Особенности программ амплификации для ПЦР «в реальном времени
Глава 6. Особенности очистки нуклеиновых кислот для ПЦР «в реальном времени»
6.1. Общие принципы очистки нуклеиновых кислот для использования в ПЦР
6.2. Особенности взятия биоматериала для клинических ПЦР-исследований и риск контаминации
6.3. Особенности методов очистки НК для ПЦР «в реальном времени»
6.4. Типовые ошибки использования ПЦР «в реальном времени», связанные с количеством нуклеиновых кислот, забираемых в реакцию
Глава 7. Анализ данных ПЦР «в реальном времени»
7.1. Методы и средства анализа графиков накопления ДНК
7.2. Простая модель ПЦР
7.3. Связь флуоресцентного сигнала и накопления ДНК в ходе ПЦР
7.4. Пороговый метод сравнения графиков накопления ДНК (Ct)
7.5. Определение эффективности ПЦР
7.6. Недостатки порогового метода и пути их преодоления
7.7. Методы прямого сравнения графиков накопления ДНК(СР)
7.8. Комбинация методов Ct и Ср
Глава 8. Определение уровня представленности транскриптов
8.1. Организация эксперимента
8.2. Абсолютное определение уровня представленности транскриптов
8.3. Относительное определение уровня представленности транскриптов
8.4. Нормировка данных
8.5. Внутренний контрольный образец
8.6. Отрицательный контрольный образец
Глава 9. Количественное определение вирусной нагрузки
9.1. Количественное определение вирусной нагрузки
9.2. Источники погрешностей и варианты учета потерь и эффективности реакции
Глава 10. Использование ПЦР «в реальном времени» для определения однонуклеотидного полиморфизма
10.1. Однонуклеотидный полиморфизм последовательностей ДНК
10.2. Идентификация ОНИ с помощью аллель-специфичных праймеров
10.3. Дифференциация аллелей с помощью олигонуклеотидных проб
10.4. Генотипирование ОНП методом плавления ДНК-дуплексов
Глава 11. Определение относительного содержания нуклеиновых кислот на примере генетически модифицированных источников
11.1. Общие сведения о ГМИ
11.2. Классификация существующих методов определения ГМИ в продуктах питания
11.3. Организация чужеродной ДНК в геноме растений
11.4. Выбор последовательностей-мишеней для выявления чужеродной ДНК в геноме растения
11.5. Тест-системы для определения процентного содержания чужеродной ДНК относительно геномной ДНК растений
11.6. Выбор чужеродной и нормировочной ДНК для количественного определения ГМИ
11.7. Калибровочные образцы
11.8. Точность метода определения процентного содержания генетически модифицированных ингредиентов в пище с помощью метода ПЦР «в реальном времени»
Предметный указатель.